\

Chiếc đuôi cộc của nòi mèo này là kết quả của đột biến gien kiểu thân hình ở mèo, quy định bởi một gien lặn.[1] Vì vậy, khi cả cha lẫn mẹ đều cộc đuôi thì mèo con sinh ra cũng cộc đuôi, nhưng khi một cá thể cha mẹ không cộc đuôi thì khả năng con sinh ra cộc đuôi rất thấp. Trong khi gien đuôi cộc của mèo đảo Man có thể gây ra những bệnh di truyền cho nòi mèo này, chưa có ghi nhận nào cho thấy gien cộc đuôi của mèo cộc đuôi Nhật Bản có khả năng gây ra những vấn đề tương tự.[cần dẫn nguồn]

Thông thường, một lứa đẻ của mèo cộc đuôi Nhật Bản bao gồm 3 hay bốn con. Kích thước của mèo sơ sinh khá lớn so với mặt bằng chung[cần dẫn nguồn] và chúng cũng biết đi và hoạt động sớm hơn so với nhiều nòi khác.[cần dẫn nguồn]

Mèo cộc đuôi dị nhãn

Mèo cộc đuôi Nhật Bản, nhất là những cá thể có màu lông trắng, đôi khi có mỗi mắt mang một màu khác nhau. Thông thường, một mắt sẽ có mống mắt màu xanh lam và mắt còn lại thì màu vàng. Các cá thể mèo dị nhãn của nòi này xuất hiện với tần suất lớn hơn hẳn so với mặt bằng chung, có lẽ chỉ đứng sau mèo Van. Đặc tính dị nhãn cũng là một tính trạng được ưa thích và những cá thể mèo dị nhãn của nòi này thường có giá cả cao hơn hẳn so với các cá thể "bình thường".[cần dẫn nguồn]